扁桃体具有免疫功能，特别是儿童，咽部淋巴组织具有重要的保护作用，任意将其切除，可消除局部的免疫反应。但是对那些炎症已呈不可逆病变的扁桃体，或影响正常生理功能的肥大扁桃体则应考虑切除。扁桃体切除术的适应证有以下几点：
1、急性扁桃体炎反复发作者。急性扁桃体炎反复发作，一年在4-5次以上者，应考虑行扁桃体切除术。
2、有扁桃体周围脓肿病史者。
3、因扁桃体过度肥大，影响吞咽、呼吸及发音者。多见于儿童，虽无扁桃体炎反复发作史，但扁桃体过于肥大，引起咽部异物感，饮食困难，恶心，呼吸不畅，夜寐打鼾，或有憋气，发音含糊等。
4、慢性扁桃体炎已成为引起机体其他脏器病变的病灶。慢性扁桃体炎反复发作，诱发心悸心慌、心电图异常，关节疼痛，腰痛、尿常规异常（红细胞、蛋白、管型），长期低热，抗“升高，血沉加快等。
5、上呼吸道急性炎症与扁桃体炎有明显关系者。扁桃体炎反复发作，诱发咽炎、鼻炎、鼻窦炎、中耳炎、支气管炎、哮喘、咳嗽等。
6、各种扁桃体良性肿瘤。如扁桃体息肉、扁桃体囊肿、扁桃体乳头状瘤等，可连同扁桃体一并切除。
7、茎突截短术的前驱手术。茎突截短术内进路，必须先将扁桃体切除，再分离暴露茎突，并将其截短。
8、不明原因的长期低热。有时切除扁桃体后，体温可恢复正常。
9、对扁桃体恶性肿瘤，如鳞癌、淋巴肉瘤、网织细胞肉瘤、血管内皮瘤等，应慎重选择病例。
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